Bộ môn Công nghệ Thực phẩm được thành lập vào tháng 3 năm 2000. Chức năng của Bộ môn là cùng với Khoa tổ chức, quản lý công tác đào tạo bậc đại học, thạc sĩ, tiến sĩ và nghiên cứu khoa học về lĩnh vực Công nghệ Thực phẩm. Đến nay, Bộ môn đã tham gia đào tạo hàng ngàn kỹ sư và cử nhân cao đẳng Công nghệ Thực phẩm. Các môn học chuyên ngành do Bộ môn giảng dạy bao gồm: Công nghệ lạnh thực phẩm; Công nghệ đồ hộp thực phẩm; Công nghệ chế biến chè, cà phê, ca cao, hạt điều; Công nghệ rượu, bia, nước giải khát; Công nghệ sản xuất dầu mỡ thực phẩm; Công nghệ chế biến thịt, cá, trứng, sữa; Công nghệ sản xuất bánh kẹo bánh kẹo; Công nghệ sản xuất đường mía; Các quá trình công nghệ cơ bản trong sản xuất thực phẩm; Phát triển sản phẩm; Công nghệ sản xuất các sản phẩm truyền thống; An toàn lao động.
Tổng số cán bộ, giảng viên của Bộ môn hiện nay là 12 người, bao gồm: 02 PGS, 05 TS, 01 NCS, 03 ThS và 01 CN
Hiện nay, Bộ môn Công nghệ Thực phẩm đang thực hiện đào tạo các bậc từ đại học đến sau đại học ngành công nghệ thực phẩm hệ chính quy tại Nha Trang. Bên canh đó, Bộ môn cũng liên kết đào tạo hệ liên thông với một số địa phương có nhu cầu.
1. Chương trình đào tạo Đại học Công nghệ thực phẩm
2. Chương trình đào tạo Thạc sĩ Công nghệ thực phẩm
3. Chương trình đào tạo Tiến sĩ Công nghệ thực phẩm