Hiện nay, Khoa đang có quan hệ hợp tác với các trường, viện nghiên cứu thực phẩm - thủy sản; doanh nghiệp chế biến thực phẩm - thuỷ sản; cơ quan quản lý nhà nước về thực phẩm - thủy sản trên phạm vi cả nước. Bên cạnh đó, Khoa cũng có quan hệ hợp tác với hơn 20 trường, viện, cơ quan quản lý về thực phẩm và thủy sản ở 14 nước khác nhau trên thế giới như Mỹ, Canada, Iceland, Đan Mạch,...
HỢP TÁC QUỐC TẾ VÀ TRONG NƯỚC
1. Hợp tác quốc tế
- Viện nghiên cứu khai thác thủy sản Pháp (IFREMER).
- Trường Đại học Nantes - Pháp
- Trường Đại học Maine, Pháp
- Trường Đại học Iceland, Iceland
- Trường ĐH Newcaslte, Úc
- Học viện Công nghệ Voronezh, Liên bang Nga
2. Hợp tác trong nước
- Hợp tác với Đại học Cần Thơ, Trường Đại học Nông Lâm - TPHCM, Đại học Huế và Học viện Nông nghiệp Việt Nam và một số trường Đại học khác.
- Hợp tác với các doanh nghiệp trong nước:
