Khoa Công nghệ Thực phẩm được hình thành và phát triển từ tổ giáo viên Chế biến (1959), sau là Bộ môn Chế biến (năm học 1961-1962), một trong những bộ môn đầu tiên của Trường từ những năm đầu được thành lập, trực thuộc Khoa Thuỷ sản tại Học viện Nông lâm (sau là Trường Đại học Nông nghiệp, nay là Trường Đại học Nông nghiệp I Hà Nội). Bộ môn phụ trách đào tạo kỹ sư ngành Chế biến thủy sản.